1、下載并安裝Open Babel，然后Windows鍵+R鍵，再輸入cmd進入命令提示符進行操作，然后輸入操作命令首先進入你需要轉換文件的路徑，不能有中文然后輸入命令Obabel *input format _ooutput format _O file output format _m gen3dInput format是要進行轉換的文件的格式output format是輸出文件的格式。

2、首先，讓我們從開源的明珠OpenBabel開始，它是化學文件格式轉換的基石，支持多種結構和屬性的轉換如果你需要繪制3D結構，Indigo，由GGA軟件提供，無論是開源版本還是商業應用，其子工具如IndigodepictIndigocano和Indigodeco都是你的得力助手對于3D結構的精細處理，strongOMEGA by OpenEye提供了出色的轉換服務。

3、轉換為空白可以嘗試轉換一般亂碼或空白的情況會有改善Open Babel是化學領域常用的一個文件格式轉換工具，它可以支持xyz的坐標格式SMILES表達式InChI表達式和mol以及mol2等格式之間的互相轉化比如說，你只有一個甲烷的SMILES表達式C，那么你就可以使用Open Babel將其轉化成一個mol2文件，這樣就可以用vmd。

4、1首次通過MD軟件提供的工具或腳本，提取想要導出的部分布料需要使用選擇，截取或過濾等命令來選定需要的原子或分子2其次將提取的部分布料以適當的格式導出為文件常用的文件格式包括pdb或xyz3最后將這些坐標轉換為abc模型文件，使用相應的軟件或工具來完成此任務例如，OpenBabel是一個流行的。

5、1首先要用Eclipse+EclipseME+WTK搭建J2ME開發環境 下載解壓安裝 Eclipse SDK Version 332早已經安裝好了，并安裝中文語言包1Eclipse 2Eclipse 33 中文語言包babel在Eclipse中打開插件安裝菜單Software UpdatesFind and Install ，搜索要安裝。

6、1dock程序中有個工具叫sdf2mol2一聽這個名字就知道是加sdf文件轉化為mol2的不過你需要和dock官方網站申請dock程序2Openbabel 這個軟件非常好用，不過如果sdf是包含多個分子的文件，轉化有些麻煩，需要先將多分子文件拆分成單個分子文件，即一個文件中只有一個分子，然后用babel轉化就OK啦，當然。

7、受體在藥理學上是指糖蛋白或脂蛋白構成的生物大分子，存在于細胞膜胞漿或細胞核內不同的受體有特異的結構和構型配體指對受體具有識別能力并能與之結合的物質，也就是指藥基于配體的藥物分子設計，既可以用于藥物虛擬篩選，也可以用于反向尋靶，譬如藥物篩選管理系統，基于二維或三維相似度等手段。

8、1更新系統組件sudoaptgetupdatesudoaptgetdistupgrade2增加OpenERP用戶如果之前用aptget或者deb方式安裝過，先刪除這個用戶重新再創建下sudouserdelopenerp一樣的，如果有optopenerp這個目錄也先刪除掉sudormroptopenerpsudoaddusersystemhome=optopenerpgroupopenerpopenerp。

9、在分子結構的世界里，掌握一套強大的文件格式轉換工具集錦是科研與應用中的必備技能下面，我們將帶你探索一系列高效易用的工具，幫助你輕松轉換和處理各種化學結構文件，無論你是化學家藥學家還是生物信息學家首先，讓我們從開源的明珠OpenBabel開始，它是化學文件格式轉換的基石，支持多種結構。

10、步驟如下，希望能夠幫到你，謝謝 1首先要用Eclipse+EclipseME+WTK搭建J2ME開發環境 下載解壓安裝 Eclipse SDK Version 332早已經安裝好了，并安裝中文語言包1Eclipse 2Eclipse 33 中文語言包babel在Eclipse中打開插件安裝菜單Software UpdatesFind。

11、linux系統下直接輸入使用cat命令等1cat小分子文件名單個小分子的文件名，例文件夾下小分子名稱為sdfsdfsdf指令為cat*sdfthreetoonesdf2使用openbabel，開源化學信息學軟件，win下，linux皆可，obabel是輸入文件名，osdfO是輸出文件名。

12、方法很多，我列舉一下1DOCK程序中有個工具叫sdf2mol2，一聽這個名字就知道是將sdf文件轉化為mol2的不過你需要和DOCK官方網站申請DOCK程序2Openbabel或者Babel 這個軟件非常好用，不過如果sdf是包含多個分子的文件，轉化有些麻煩，需要先將多分子文件拆分成單個分子文件，即一個文件中只有一個。